O Centro Histórico de São Sebastião possui riquezas históricas e arquitetônicas que integram o patrimônio cultural da região, que foi toda construída em cima das atividades pesqueiras e guarda em suas terras heranças primitivas de sambaquis e da colonização que ocorreu na região. 

A arquitetura de São Sebastião é do período colonial e várias são as edificações tombadas pelo Patrimônio Histórico Arqueológico, Artístico e Turístico (1969). A igreja matriz da cidade tem arquitetura com influência dos Jesuítas e foi construída em taipa, no século 17. 

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Construído também no século 17, o Convento de Nossa Senhora do Amparo, localizado no bairro de São Francisco, é a edificação mais antiga da cidade. A Casa de Câmara e a Cadeia são construções do século 18 e remetem às antigas casas mineiras. 

Outra construção bastante interessante é a Casa da Esperança, considerada uma das mais nobres edificações da região por ter sido construída com moagem de conchas, areia e óleo de baleia. 

Construído no século 19, o sobrado da Praça da Matriz abriga a sede da Divisão de Patrimônio Histórico Cultural do município. Por fim, destaca-se a construção da primeira capela de São Sebastião, que conserva verdadeiras relíquias de artes sacras e tudo isso no Centro Histórico, disponível para a sua visitação.